Повзрослев, черепашки-ниндзя стали более серьезными, и теперь адекватно оценивают опасности, которые их поджидают. Однако к ним из прошлого пребывают прототипы из 80-х годов. Дело в том, что в будущее проник Шредер и другие злодеи.

Теперь восьмерым черепашкам противостоит вдвое больше преступников, которые тоже объединились. Но отважные любители пиццы сумеют их одолеть.