Нью-Йорк снова в опасности. Шреддер и его Клан Футов контролируют все ключевые службы города, они управляют политиками и полицейскими. Нужны герои, способные покончить со злом.

В этот тяжелый для города момент из канализации появляется отважная четверка черепашек-ниндзя. Они готовы пройти на помощь каждому честному человеку. Но вначале им нужно разгадать план Шреддера.

В борьбе за свободу черепашкам-ниндзя будут помогать репортер Эйприл и оператор Верн Фенвик.