Морфеус, Нео и Тринити продолжают свою нелегкую борьбу за спасение человечества, они стали лидерами людей в этой борьбе. Только наши герои могут одолеть армию машин, которая окончательно решила уничтожить не покорившееся человечество. Эти борцы используют не только самое современное и надежное оружие, но и свои выдающиеся способности.

Во время войны им удается более детально изучить матрицу и понять принцип её работы. Теперь уничтожить роботов и освободить людей станет проще. Также сам Нео наконец-то понял свою центральную роль в этой непростой войне. Именно он в скором времени получит шанс решить судьбу всего человечества. Машины это тоже понимают, поэтому будут всячески препятствовать Нео, Тринити и Морфеусу, но наши герои обязательно выполнят своё предназначение.